Identification of genomic and transcriptomic prognostic bio-signatures in head and neck cancer

“RESEARCH CREATE-INNOVATE” 2ND CYCLE

Identification of genomic and transcriptomic prognostic bio-signatures in head and neck cancer

   The BIOKARETRA project is in the context of translational research that aims to identify and validate prognostic and predictive biomarkers for head and neck cancer (HNC). The poor prognosis of HNC highlights the need for the development of prognostic and predictive biomarkers in order to identify subgroups of patients with different clinical characteristics (eg early relapse) and different responses to existing and new therapies. To date, HPV infection is the only reliable prognostic marker (its predictive value is under review) in combination with TNM staging. The identification of new biomarkers will help in HNC patients’ stratification, which is important especially for HPV positive patients. These biomarkers will help the oncologists elucidate the rate at which the disease progresses, so as to apply the appropriate therapeutic protocol and dosage, thereby achieving positive clinical results while at the same time minimizing the toxic side effects associated with therapeutic overdosing. In addition, the introduction of reliable biomarkers will allow the identification of patient personalized response to treatments.

ΔΡΑΣΗ ΕΘΝΙΚΗΣ ΕΜΒΕΛΕΙΑΣ:

«ΕΡΕΥΝΩ-ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ-ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ» Β ΚΥΚΛΟΣ

Προσδιορισμός γονιδιωματικών και μεταγραφωματικών προγνωστικών βιο-υπογραφών στον καρκίνο κεφαλής τραχήλου

   Το έργο ΒΙΟΚΑΚΕΤΡΑ εμπίπτει στο πλαίσιο της μεταφραστικής έρευνας που στόχο έχει την ανεύρεση και επικύρωση προγνωστικών και προβλεπτικών βιοδεικτών στον καρκίνο κεφαλής τραχήλου (ΚΚΤ). Η κακή πρόγνωση του ΚΚΤ υπογραμμίζει τη αναγκαιότητα ανάπτυξης προγνωστικών και προβλεπτικών βιοδεικτών με σκοπό την ανεύρεση υποομάδων ασθενών με διαφορετικά κλινικά χαρακτηριστικά (πχ πρώιμη υποτροπή) και διαφορετική ανταπόκριση στις υπάρχουσες και νέες θεραπείες. Μέχρι σήμερα η λοίμωξη από HPV αποτελεί τον μόνο αξιόπιστο προγνωστικό δείκτη (η προβλεπτική του αξία είναι υπό εξέταση) σε συνδυασμό με το στάδιο κατά TNM του όγκου. Η ανάδειξη νέων βιοδεικτών θα βοηθήσει στη διαστρωμάτωση των ασθενών με ΚΚΤ, γεγονός που καθίσταται ακόμα πιο σημαντικό στους HPV- ασθενείς που αποτελούν την πλειοψηφία. Με τον τρόπο αυτό θα είναι εφικτό να προβλεφθεί η πορεία της νόσου ώστε να εφαρμόζονται τα κατάλληλα θεραπευτικά σχήματα με αποτέλεσμα το βέλτιστο κλινικό όφελος με τις ελάχιστες δυνατές παρενέργειες. Επίσης, η εισαγωγή αξιόπιστων βιοδεικτών θα επιτρέπει στο να γνωρίζουμε εξατομικευμένα την ανταπόκριση στη θεραπεία.

Collaborators

   The project is being implemented through the collaboration of two research organizations: the National Hellenic Research Foundation (NHRF) and the Immunology Department of the Hospital “Agios Savvas”, two Universities: the Histology & Embryology Laboratory / Medical School of the National and Kapodestrian University of Athens and the Radiotherapy Oncology Clinic / University Hospital of Alexandroupolis, Democritus University of Thrace, and two companies: the Anonymous Company of Cellular and Molecular Immunological Applications S.A. (CEMIA S.A.) and the Anonymous Company of Scientific Equipment SELIDIS BROS S.A. (ANTISEL).
   The interdisciplinary partnership is characterized by extensive experience in the management of research projects related to cancer, in pre-clinical studies investigating therapeutic substances or formulations in cell and animal model systems, but also in the development of innovative technological applications, all of which constitute a necessary prerequisite for the successful realization of project objectives.

Σύμπραξη

   To έργο πραγματοποιείται μέσα από τη σύμπραξη δύο ερευνητικών οργανισμών: του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών (ΕΙΕ) και του Τμήματος Ανοσολογίας του Νοσοκομείου «ο Άγιος Σάββας», δύο Πανεπιστημίων: του Εργαστηρίου Ιστολογίας και Εμβρυολογίας της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ) και της Κλινικής Ακτινοθεραπευτικής Ογκολογίας / Νοσοκομείο Αλεξανδρούπολης του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης, και δύο επιχειρήσεων: της Ανώνυμης Εταιρείας Κυτταρικών και Μοριακών Ανοσολογικών Εφαρμογών ΣΕΜΙΑ Α.Ε. (CEMIA S.A.) και της Αντιπροσωπείας Επιστημονικού Εξοπλισμού Αφοι ΣΕΛΙΔΗ Α.Ε. (ΑΝΤΙΣΕΛ).
   Η διεπιστημονική σύμπραξη χαρακτηρίζεται από εκτεταμένη εμπειρία στην διαχείρηση ερευνητικών έργων που σχετίζονται με τον καρκίνο, σε προ-κλινικές μελέτες διερεύνησης θεραπευτικών ουσιών ή σκευασμάτων σε πρότυπα κυτταρικά και ζωϊκά συστήματα, αλλά και στην χρήση πρωτοποριακών τεχνολογικών εφαρμογών, η οποία αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση για την επιτυχή πραγματοποίηση των στόχων του έργου.

Στόχοι του έργου

   Ο απώτερος στόχος του έργου είναι η ανάπτυξη ενός panel βιοδεικτών με προγνωστική και προβλεπτική σημασία για τους ασθενείς με ΚΚΤ, αξιοποιώντας τη στενή αλληλεπίδραση μηχανισμών που επιμελούνται την ακεραιότητα του γενετικού υλικού με τους μηχανισμούς που εμπλέκονται στην ανοσιακή απόκριση.
Οι επιμέρους στόχοι με βάση τις ενότητες εργασίας (ΕΕ) έχουν ως εξής:

1. EE1. Πλήρης καταγραφή του ιατρικού ιστορικού των ασθενών που θα συμμετάσχουν στην μελέτη και κατασκευή biobank (απομόνωση DNA και RNA, απομόνωση μονοπύρηνων περιφερικού αίματος, συλλογή και αποθήκευση ορού και πλάσματος) από τα δείγματα περιφερικού αίματος των ασθενών.

2. ΕΕ2. Eξέταση του φορτίου καρκινικών μεταλλάξεων (tumor mutation load ή TML) στο περιφερικό αίμα με σκοπό την ανάδειξη προγνωστικών και προβλεπτικών δεικτών σε 3 κατηγορίες ασθενών με ΚΚΤ (ανάλογα με τον τύπο θεραπείας ή/και την υποτροπή μετά τη θεραπεία).

3. EE3. Aνεύρεση προγνωστικών και προβλεπτικών βιοδεικτών στον ΚΚΤ μέσω της ανάλυσης του μοριακού προφίλ των καρκινικών κυττάρων και της μελέτης γονιδίων που συμμετέχουν σε κομβικούς κυτταρικούς μηχανισμούς (όπως της ρύθμισης του κυτταρικού κύκλου και της διατήρησης της ακεραιότητας του γενετικού υλικού), και ανάλυση του ανοσολογικού προφίλ των ασθενών σε συνδυασμό με την ανοσολογική τους απόκριση στη νόσο.

4. ΕΕ4. Αναλύσεις σε μονιμοποιημένα παρασκευάσματα ιστών σε παραφίνη με σκοπό την ανάδειξη νέων προγνωστικών και προβλεπτικών γονιδιακών και ανοσοφαινοτυπικών βιοδεικτών σε HPV- και HPV+ ασθενείς.

5. ΕΕ5. Ανάλυση της έκφρασης των γονιδίων της οικογένειας των TCRVβ με NGS, με σκοπό την ανάδειξη κυτταρικών TCRβ υπογραφών που θα χρησιμοποιηθούν ως προγνωστικοί και προβλεπτικοί βιοδείκτες στον ΚΚΤ.

6. ΕΕ6. Ταυτοποίηση των μεταγραφικών αλλαγών στα miRNAs και ανάδειξη των miRNA υπογραφών που μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως προγνωστικοί και προβλεπτικοί βιοδείκτες στον ΚΚΤ στο περιφερικό αίμα.

7. ΕΕ7. Τυποποίηση κι συσχέτιση των αλληλομόρφων HLA-A, -Β, -C και HLA-DR, -DP, -DQ με την πρόγνωση και στην ανταπόκριση στην θεραπεία των ασθενών.

8. ΕΕ8. Στατιστική ανάλυση για την επικύρωση της σημαντικότητας του προγνωστικού και προβλεπτικού ρόλου των βιολογικών υπογραφών.

Οργανωτική δομή και διαχείριση του έργου

Αποτελέσματα

1. ΕΕ1. Έχει πραγματοποιηθεί συλλογή περιφερικού αίματος από 33 ασθενείς και καταγραφή του ιατρικού ιστορικού τους σε ηλεκτρονικό φάκελο. Οι ασθενείς διαγνώστηκαν με καρκίνο λάρυγγος, στόματο-/ορο-/ρινο-/υπο- φάρυγγος, αμυγδαλής, γλώσσας και παρωτίδος. Από 9 ασθενείς, έχει γίνει συλλογή δείγματος και μετά την θεραπευτική παρέμβαση (δεύτερο δείγμα). Από επίχρισμα σε 19 από τους 33 ασθενείς, έχει πραγματοποιηθεί έλεγχος για την ανίχνευση του ιού HPV. Επίσης έχει αποσταλεί βιοπτικό υλικό από 9 ασθενείς του αρχείου του νοσοκομείου στο εργαστήριο Ιστολογίας και Εμβρυολογίας για αναλύσεις.

2. ΕΕ2. Έχουν εισαχθεί στο πρωτόκολλο 35 ασθενείς με καρκίνο της τραχηλοπροσωπικής χώρας που έχουν υποβληθεί σε ακτινο-χημειοθεραπεία. Αιμοληψίες έχουν γίνει στην αρχή, στο μέσο και στο τέλος της Ακτινοθεραπείας και από το αίμα έχει γίνει απομόνωση πλάσματος (για απομόνωση cfDNA για την ανάδειξη μεταλλάξεων που σχετίζονται με τον ΚΚΤ με NGS), και λεμφοκυττάρων (για απομόνωση RNA και ανάλυση με NGS της ανοσολογικής ανταπόκρισης, αλλά και ανάλυση με flow-cytometry). Δυο μέρη από τα PBMCs επαναδιαλύονται σε διάλυμα συντήρησης RNA και αποθηκεύονται στους -80 ˚C, ενώ τα υπόλοιπα (1/3) επαναδιαλύονται σε Freezing Medium (70% FBS, 20% DMEM, 10% DMSO) και αποθηκεύονται.

3. ΕΕ3. Έχει συλλεχθεί και αποθηκευθεί πλάσμα από το περιφερικό αίμα 32 ασθενών, με σκοπό την περαιτέρω ανάλυση για την ανάδειξη μεταλλάξεων που σχετίζονται με τον ΚΚΤ. Έχει πραγματοποιηθεί απομόνωση μονοπύρηνων κυττάρων περιφερικού αίματος (PBMCs) από 31 ασθενείς, στα οποία έχουν πραγματοποιηθεί προκαταρκτικά πειράματα για την ανίχνευση ανοσολογικών υποπληθυσμών μνήμης. Τα PBMCs φυλάσσονται σε υγρό άζωτο με σκοπό την μελλοντική απόψυξη και την ανάλυση με κυτταρομετρία ροής.

4. ΕΕ4. Έχει πραγματοποιηθεί ανοσοïστοχημική ανάλυση σε σειριακές τομές από υλικό μονιμοποιημένο σε φορμόλη και εγκλεισμένο σε κύβους παραφίνης για την αξιολόγηση του φλεγμονώδους διηθήματος στους πρώτους 10 ασθενείς με καρκίνο κεφαλής τραχήλου και χαρακτήρες πλακώδους καρκινώματος. Επίσης πραγματοποιήθηκαν προκαταρκτικά πειράματα για την εύρεση των βέλτιστων συνθηκών της διεξαγωγής των πειραμάτων για τους δείκτες κυτταρικού πολλαπλασιασμού, της απόπτωσης και της κυτταρικής γήρανσης.

5. ΕΕ5. Έχει πραγματοποιηθεί απομόνωση DNA από ολικό αίμα τριάντα δύο (32) ασθενών, με τα πρωτόκολλα PureLink Genomic DNA Mini Kit (Ιnvitrogen), σύμφωνα με τις οδηγίες των κατασκευαστών. Έχει επίσης πραγματοποιηθεί ποσοτικός και ποιοτικός προσδιορισμός του απομονωμένου DNA με το φασματοφωτόμετρο NanoDropTM 2000/2000c, μέσα από το οποίο έχει πιστοποιηθεί η υψηλή καθαρότητα του απομονωμένου υλικού. Στη συνέχεια θα πραγματοποιηθεί προσδιορισμός των TCRVβ με Next Generation Sequencing (NGS) με χρήση του OncomineTM TCR Beta-SR Assay, DNA.

6. ΕΕ6. Οι αναλύσεις θα αρχίσουν μετά τον 18ο μήνα από την έναρξη του προγράμματος.

7. ΕΕ7. Από 32 δείγματα έχει γίνει απομόνωση DNA σε συνεργασία με το ΚΑΑΚ, για την τυποποίηση των HLA αλληλίων. με NGS.

 Διάχυση αποτελεσμάτων (dissemination)

Συμμετοχή σε συνέδρια/ προσκεκλημένοι ομιλητές

 

Εθνικά Συνέδρια

  • “7th Symposium on Advances in Cancer Immunology and Immunotherapy”, Athens, Greece, 2-4 December 2021

Sotirios P. Fortis

Keynote lecture: Abscopal effect and TCR diversity in cancer inhibitors

https://livetime.gr/en/event/7io2021/

 

7th Symposium on Advances in Cancer Immunology and Immunpotherapy. Athens, Greece. December 2-4 December, 2021

Michael I. Koukouraki

Plenary Lecture :  Regulation of Radiotherapy and Immunotherapy by the Tumour Microenvironment

  • “Masterclass in Oncology”, Larissa, Greece, 14-16 October 2021

Σωτήριος Φόρτης

Τίτλος ομιλίας: Βασικές αρχές Ανοσοθεραπείας

https://scep.gr/wp-content/uploads/2021/10/program_%CE%9C%CE%95-%CE%94%CE%99%CE%91%CE%A6%CE%97%CE%9C%CE%99%CE%A3%CE%95%CE%99%CE%A3_MO-2021_scep-1.pdf

  • “Masterclass on Immuno-oncology”, Athens, Greece, 30 June-2 July

Βασίλειος Ζουμπουρλής

Lecture title: Historical retrospection in the research of the genetic basis of cancer

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • “Masterclass on Immuno-oncology”, Athens, Greece, 30 June-2 July

Μαρία Αδαμάκη

Lecture title: Cancer biomarkers in the era of precision oncology

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • “Masterclass on Immuno-oncology”, Athens, Greece, 30 June-2 July

Σωτήριος Φόρτης

Lecture title: Cancer Immunology

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • “Masterclass on Immuno-oncology”, Athens, Greece, 30 June-2 July

Βασίλειος Ζουμπουρλής

Lecture title: siRNA-miRNA, stem cells and cancer

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • “Masterclass on Immuno-oncology”, Athens, Greece, 30 June-2 July

Σωτήριος Φόρτης

Lecture title: Mechanisms for immune resistance during immunotherapies

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • Masterclass on ImmunoOncology 2022. Athens, Greece. 30 june – 2 July, 2022

Michael I. Koukouraki

Lecture :  Systemic Immune activation during Radiotherapy

https://scep.gr/wp-content/uploads/2022/07/program_light_15.5x23_MIO-2022_scep_2.pdf

 

  • 5° Πανελλήνιο Συνέδριο Ψυχοσωματικής Ιατρικής “Αλληλεπίδραση Ψυχικών και Σωματικών Νοσημάτων στο Παρόν και Μέλλον της Πανδημίας: Ψυχοπαθολογία & Ανοσολογικοί Μηχανισμοί” Ναύπλιο, 21/10/2022 – 23/10/2022. https://congressworld.gr/event/5o-panellinio-sunedrio-psuhosomatikis-iatrikis/
  • Μέλος οργανωτικής επιτροπής του συνεδρίου Β. Ζουμπουρλής

          ΑΝΟΣΟΛΟΓΙΑ ΚΑΡΚΙΝΟΥ – ΨΥΧΟ-ΟΓΚΟΛΟΓΙΑ. ΒΙΟΔΕΙΚΤΕΣ ΚΑΙ ΨΥΧΟ-ΝΕΥΡΟΠΑΘΟΦΥΣΙΟΛΟΓΙΑ. ΠΡΟΕΔΡΕΙΟ: Δ. Σπαντίδος, Β. Ζουμπουρλής, Κ. Μπαξεβάνης.

  • Μ. Αδαμάκη, Μ. Γουλιελμάκη, Σ. Φόρτης, Κ. Μπαξεβάνης, Β. Ζουμπουρλής.
    Τίτλος ομιλίας: «Νεότερες εξελίξεις στην ανοσοθεραπεία του καρκίνου κεφαλής –και – τραχήλου μέσω της χρήσης αναστολέων ανοσιακών σημείων ελέγχου (ΑΣΕ) και νευρολογικές επιπλοκές που σχετίζονται με την εν λόγω θεραπεία»
  • Σ. Φόρτης, Μ Αδαμάκη, Μ. Γουλιελμάκη, Β. Ζουμπουρλής, Κ. Μπαξεβάνης.
    Τίτλος ομιλίας: «Ανοσολογία Καρκίνου, βιοδείκτες στην Ιατρική ακριβείας στον καρκίνο κεφαλής και τραχήλου. Νευροβιολογική προσσέγγιση»
  • Μ. Γουλιελμάκη, Σ. Φόρτης, Μ.Αδαμάκη, Β. Ζουμπουρλής, Κ. Μπαξεβάνης
    Τίτλος ομιλίας:«Βιοδείκτες απόκρισης στη θεραπεία ασθενών με καρκίνο πνεύμονα και νευροβιολογικές προεκτάσεις».

     

    • 3o Μasterclass Oγκολογίας, Λάρισα,  13-15 Οκτωβρίου 2022
    • Σ. Φόρτης
      Τίτλος ομιλίας: «Βασικές αρχές Ανοσοθεραπείας»
      https://scep.gr/events/event/3mo/

     

    • 6th Annual Meeting on Cancer Biology and New Molecules in Cancer Therapeutics, Athens, 24-26 November
      Σ. Φόρτης
      Τίτλος ομιλίας: «Θεραπευτικά εμβόλια στον καρκίνο και νέες διαστάσεις μέσω των εξατομικευμένων εμβολίων»
      https://livetime.gr/event/nmct22/

     

    • Συνέδριο Κλινικής και Μεταφραστικής Ογκολογίας 2022, Κρήτη, 17-20 Νοεμβρίου 2022

    Μέλος επιστημονικής επιτροπής Β Ζουμπουρλής

    Μεταφραστική Ερευνητική δραστηριότητα στην Ελλάδα

    Συντονισμός: Δ. Μαυρουδής, Π. Θεοδωρόπουλος, Β. Ζουμπουρλής, Π. Βεργίνης
    Μ. Αδαμάκη
    Τίτλος ομιλίας: Ο ρόλος του μηχανισμού (ή των μηχανισμών) κυτταρικής απόκρισης σε βλάβες του DNA στην ανάπτυξη εξατομικευμένων θεραπευτικών προσεγγίσεων για τον καρκίνο κεφαλής-και-τραχήλου. https://oncopog.com/skmo22/

    Μ. Γουλιελμάκη
    Τίτλος ομιλίας: Μεταβολές ΤCR ρεπερτορίου μετά από θεραπεία στον καρκίνο πνεύμονα. https://oncopog.com/skmo22/

     

     

    Διεθνή Συνέδρια

    • PIVAC 2022, Torino, 26-28 September

    Sotirios P. Fortis

    Lecture title: Dynamics of TCR repertoire and immune-related genes in cancer

    https://www.pivac22.it/

    Συμμετοχή σε διεθνή συνέδρια έπειτα από κρίση εργασιών

     

    1. DETERMINATION OF GENOMIC AND TRANSCRIPTOMIC PROGNOSTIC BIO-SIGNATURES IN HEAD AND NECK CANCER

    Razou A., Sakellaridis A., Kotsis G., Goulielmaki M., Batsaki P., Baxevanis CN., Fortis SP.

    8th Trends in Head and Neck Oncology, Amsterdam, Netherlands, November 2021

    https://www.ehns.org/site/component/jcalpro/65-endorsed-by-ehns/25-thno-8th-trends-in-head-neck-oncology.html#:~:text=The%208th%20Trends%20in%20Head,cancer%20translated%20to%20daily%20practice.

    1. DYNAMICS OF TCR REPERTOIRE AND IMMUNE-RELATED GENES IN CANCER

    Goulielmaki M., Batsaki P., Zoumpourlis V., Adamaki M., Baxevanis C.N., Fortis SP.

    CIMT Academy of Translational Cancer Immunology, Verona, Italy, 5-8 September 2022.

    Link

    1. AN IMMUNE GENE SIGNATURE THAT PREDICTS CLINICAL RESPONSE TO RADIOCHEMOTHERAPY IN HEAD AND NECK SQUAMOUS CELL CARCINOMA PATIENTS

    Adamaki M., Batsaki P., Fortis SP., Goulielmaki M., Kakouratos C., Xanthopoulou E., Zoumpourlis V., Koukourakis MI., Baxevanis CN.

    21st International Conference on Progress in Vaccination Against Cancer” (PIVAC-22), Torino, Italy, 26–28 September 2022.

    Link

    1. TCR REPERTOIRE AND IMMUNE-RELATED GENES AS PUTATIVE BIOMARKERS IN HEAD AND NECK CANCER

    Batsaki P., Fortis SP., Goulielmaki M., Adamaki M., Kakouratos C., Xanthopoulou E., Zoumpourlis V., Koukourakis M.I., Baxevanis C.N.,

    8th Symposium on Advances in Cancer Immunology & Immunotherapy, Athens, Greece, 1-3 December 2022

    Link

    2nd  AWARD BEST ORAL PRESENTATION/ Link

    1. IMMUNE-GENE EXPRESSION AND TCR CLONOTYPES IN TUMOR MICROENVIRONMENT AND PERIPHERAL BLOOD IMMUNE CELLS IN HEAD AND NECK CANCER

    Batsaki P., Goulielmaki M., Razou A., Sakellaridis A., Arnogiannaki N., Baxevanis C.N., Fortis SP.,

    8th Symposium on Advances in Cancer Immunology & Immunotherapy, Athens, Greece, 1-3 December 2022

    Link

    1. DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES AMONG HPV-POSITIVE AND HPV-NEGATIVE HEAD AND NECK CANCER PATIENTS

    Hasapis O., Magkouta S., Veroutis D., Evangelou K., Kotsinas A., Gorgoulis V.,8th Symposium on Advances in Cancer Immunology & Immunotherapy, Athens, Greece, 1-3 December 2022

    Link 

    1. 8th Symposium on Advances in Cancer Immunology and Immunpotherapy. Athens, Greece. December 1-3 December, 2022

    Michael I. Koukourakis

    Plenary Lecture :  Cancer Immuno-Radiotherapy: Balancing between immunosuppression and radio-vaccination

    https://avolution.nowlive.events/1270immuno/web/

     

    1. 2nd Webinar of the Hellenic Oncological Society of Disapora. Therapeutic interventions and the Tumor Immune Microenvironment. 23 November 2022

    Michael I. Koukouraki

    Lecture :  Modulation of the tumor microenvironment using radiotherapy

    https://livetime.gr/event/therapeutic-interventions-the-tumor-immune-microenvironment/

     

    1. 3rd International Meeting on Lung Cancer. Athens, Greece. 21-22 October 2022

    Michael I. Koukouraki

    Lecture :  Combine radiotherapy with immunotherapy

    https://livetime.gr/event/3lung22/

     

     

    Συμμετοχή σε εθνικά συνέδρια έπειτα από κρίση εργασιών

     

    1. ΑΝΙΧΝΕΥΣΗ ΝΕΩΝ ΑΛΛΗΛΙΩΝ HLA ΜΕ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ ΑΛΛΗΛΟΥΧΗΣΗΣ ΝΕΑΣ ΓΕΝΙΑΣ

    Ζαμανάκου Μ., Βάτσιου Σ., Λουλές Γ., Φόρτης Σ., Μπατσάκη Π., Γερμενής A.E., Μπαξεβάνης Κ.

    12ο Πανελλήνιο Συνέδριο Ανοσολογίας, Θεσσαλονίκη, Ελλάδα, 2-4 Δεκεμβρίου 2022

    Προφορική ανακοίνωση

    Σύνδεσμος

     

    Δημοσιεύσεις σε διεθνή περιοδικά έπειτα από κρίση

     

    1. Identification of the novel HLA-DRB1*11:308 allele in a Greek individual.

    Zamanakou M, Vatsiou S, Batsaki P, Fortis SP, Germenis AE.

    HLA, 2022

    DOI: 10.1111/tan.14908

    Link

     

    1. Promising Biomarkers in Head and Neck Cancer: The Most Clinically Important miRNAs.

    THOMAIDOU A.C., BATSAKI P., ADAMAKI M., GOULIELMAKI M., BAXEVANIS C.N., ZOUMPOURLIS V.,

    FORTIS S.P.

    International Journal of Molecular Sciences, 2022

    DOI: 10.3390/ijms23158257

    https://www.mdpi.com/1422-0067/23/15/8257

     

    1. T-cell repertoire in tumor radiation: the emerging frontier as a radiotherapy biomarker.

    BAXEVANIS C.N., GRITZAPIS A.D, VOUTSAS I.F, BATSAKI P., GOULIELMAKI M., ADAMAKI M., ZOUMPOURLIS V., FORTIS S.P.

    Cancers, 2022

    DOI: 10.3390/cancers14112674

    https://www.mdpi.com/2072-6694/14/11/2674

     

    1. Targeting Oncogenic Pathways in the Era of Personalized Oncology: A Systemic Analysis Reveals Highly Mutated Signaling Pathways in Cancer Patients and Potential Therapeutic Targets.

    KARAGIANNAKOS A., ADAMAKI M., TSINTARAKIS A., VOJTESEK B., FÅHRAEUS R., ZOUMPOURLIS V., KARAKOSTIS K.

    Cancers, 2022

    DOI: 10.3390/cancers14030664

    https://www.mdpi.com/2072-6694/14/3/664

    Mελλοντικός σχεδιασμός

    • Αύξηση του αριθμού των ασθενών της μελέτης.
    • Συλλογή υλικού (DNA/ RNA/ ορός/ πλάσμα/ ιστός/ cfDNA) από ασθενείς πριν και μετά την θεραπεία στην οποία υποβάλλονται.
    • Προσδιορισμός επιπέδων γονιδίων που σχετίζονται με το ανοσοποιητικό σύστημα στο περιφερικό αίμα ασθενών και μεταβολές αυτών μετά την θεραπεία.
    • Έλεγχος του ρεπερτορίου των Τ κυττάρων στο περιφερικό αίμα ασθενών πριν και μετά την θεραπεία.
    • Προσδιορισμός επιπέδων miRNAs σε δείγματα (ορός/πλάσμα) που έχουν συλλεχθεί και συλλέγονται από ασθενείς με ΚΚΤ.
    • Τυποποίηση ΗLA αλληλίων στους ασθενείς αυτούς.
    • Ανοσοïστοχημική ανάλυση σε σειριακές τομές από υλικό μονιμοποιημένο σε φορμόλη και εγκλεισμένο σε κύβους παραφίνης για την αξιολόγηση του φλεγμονώδους διηθήματος σε ασθενείς.
    • Έλεγχος cfDNA για την ανάδειξη πιθανών μεταλλάξεων που σχετίζονται με τον ΚΚΤ.
    • Επεξεργασία του συνόλου των αποτελεσμάτων.
    • Στατιστική ανάλυση και συνδυασμός αποτελεσμάτων με στόχο την πιθανή ανάδειξη προγνωστικών /προβλεπτικών βιο-υπογραφών για τον καρκίνο κεφαλής τραχήλου.
    • Δημοσίευση αποτελεσμάτων και διάχυση αυτών.

    Partners

    Institute of Chemical Biology/ National Hellenic Research Foundation

    Dr. Vassilis Zoumpourlis (Coordinator and Principal Investigator)
    Dr Maria Adamaki (PhD)

    http://www.eie.gr/nhrf/institutes/icb/research_groups/ZoumpourlisVassilis_group_en.html

    Department of Immunology of “Agios Savvas” Hospital

    Scientific Director: Dr. Constantin Baxevanis,
    https://cnbaxevanis.com/
    Dr Sotirios Fortis, Postdoctoral Researcher
    Panagiota Batsaki, (MSc, PhDc)

    Histology & Embryology Laboratory, Medical School, National and Kapodistrian University of Athens (NKUA) Scientific

    Director: Ass. Prof. Myrsini Kouloukousa) 
    https://www.gorgoulis.gr/team/current-team/38-staff/115-myrsini-kouloukousa

    Radiotherapy Oncology Clinic, University Hospital of Alexandroupolis, Democritus University of Thrace

    Scientific Director: Prof. Michael Koukourakis
    https://www.radiotheroncolbiol-duth.gr/

    CEMIA | Anonymous Company of Cellular and Molecular Immunological Applications S.A.

    Communications representative Dr. Maria Zamanakou. 
    www.cemia.eu

    ANTISEL | Anonymous Company of Scientific Equipment SELIDIS BROS SA 

    Communications representative: Dr. Nikos Davanos. 
    www.antisel.gr

    Contact

    For details and inquiries, please contact the Project Coordinator
    Dr. Vassilis Zoumpourlis
    vzub@eie.gr